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El Municipio de El Cuá  está ubicado en el Trópico Húmedo , su relieve es accidentado con áreas montañosas de abundante vegetación, alturas muy variables que van desde los 350 msnm (río Cuá), hasta alturas de 1,745 msnm en el macizo Peñas Blancas y el cerro Kilambé.  Se extienden sobre la parte noreste de  la cordillera Isabelia, con su punto predominante el macizo de Peñas Blancas, siguiendo a las montañas de El Bote, el cerro de La Pioja y parte del cerro Zinica, llegando hasta El cerro El Toro. Por el lado oeste, se localiza el ramal de la misma cordillera: el macizo de Kilambé, continuando hasta el valle Los Mesas donde establece su límite con El Municipio de Pantasma.

Posee numerosos ríos de caudal permanente, con alto potencial para la generación de energía hidroeléctrica, abundantes especies de peces y crustáceos que forman parte

comunidades asentadas a orillas de los ríos. Por su caudal y longitud se destacan los ríos Cuá, Gusanera, Lana, El Caño y Santa Maria de Tazua, los cuales incluyendo otros cuerpos de agua  se originan en las cuencas hidrográficas del Macizo de Peñas Blancas y Cerro Kilambé.

2.2.1 Reserva de BOSAWAS

Una de las áreas protegidas más importantes del municipio son los 773 kilómetros cuadrados que forman parte de la reserva de la biosfera conocida como BOSAWAS¹. BOSAWAS fue creada bajo la ley No. 407, fue aprobada por la Asamblea Nacional el 14 de noviembre del 2001 y publicada en el diario oficial La Gaceta No. 244 el 24 de diciembre del mismo año.

La zonificación básicamente cubre dos categorías: a.- Zona Núcleo y b.- Zona de Amortiguamiento. La Zona Núcleo está compuesta de los Territorios ubicados en la parte Sur del curso medio del Río Coco, con un área aproximada de 7,441 Kilómetros cuadrados. Comprenden principalmente la región dentro del Río Bocay, Cerro Saslaya (en la categoría de Parque Nacional) y Río Waspuk. En la Zona de

¹ El área de la reserva de BOSAWAS cubre un total de 23,497.21 Km² que representan el 18.07% del territorio nacional. La reserva está formada por los municipios de Wiwilí de Jinotega, Wiwilí de Nueva Segovia, El Cuá, San José de Bocay, Waslala, Bonanza, Siuna y Waspam.

Amortiguamiento los perímetros limítrofes son arbitrarios; estos coinciden con los límites administrativos de los seis municipios adyacentes (Bonanza, Siuna, Waspam, Waslala, Wiwilí, El Cuá y Bocay), los cuales comparten fronteras comunes con la Zona Núcleo designada de la Reserva.

2.2.2 Reserva Natural Cerro Kilambé

Fue creada mediante decreto No. 42-91 con fecha del 31 de octubre del año 1991. Está ubicada en la parte oeste de la Reserva de Biosfera de BOSAWAS, entre las coordinadas 13º30´58.68” N y 85º46´00.65”O y los 13º29´14.38 N y los 85º38´36.21”O y su punto más alto es de 1,745 msnm.  Esta reserva tiene una extensión de 125.75 kms² y está dividida con 13.32 kms² en El Cuá, 0.95 kms² en San José de Bocay y 111.48 Kms² en Wiwilí de Jinotega.

Una vista al Kilambé brindada por esta imagen bajada de la Web Ideay.net.ni, muestra a este macizo montañoso con varias cumbres, la más elevada de las cuales alcanza los 1,745 metros sobre el nivel del mar. En estas alturas la vegetación corresponde a la de una nebliselva, con flora y fauna propias de este tipo de ecosistema, incluyendo la presencia de una población de quetzales. Incluye también extensos farallones  con una zona

núcleo de biodiversidad con áreas muy alteradas y zonas grandes intactas de bosques primarios medianos altos perennifolios fríos. De esta masa boscosa nacen 47 riachuelos que son tributarios de los ríos Yakalwas, Pijinero y Wamblan, y La Cruz ó El Diablo y Los Milagros que a su vez alimentan al Río Bocay.

2.2.3 Reserva Natural Macizo de Peñas Blancas 

Fue declarada Reserva Natural mediante el decreto 42-91 del 04 de noviembre de 1991. Está ubicada al suroeste de la Reserva de Biosfera Bosawas, entre las coordenadas, 13º13’27.23” -13º19’58.97” Latitud Norte y 85º43’25.37” 85º35’25.61” Longitud Oeste y su punto más alto es de 1,745 msnm.  Tiene bosques de neblí selva intactos que representan núcleos significativos remanentes de bosque tropical húmedo o neblí selva. Tiene extensos farallones de más de cien metros de altura cubiertos de bosques primarios medianos o altos perennifolios fríos, podrían considerarse junto con los del Kilambé, únicos en Nicaragua.

Su extensión cubre un área de 115.54 Km² y esta dividida administrativamente con

52.81 Km² en El Cuá, municipio de Jinotega y 25.5 Km² en La Dalia y 37.23 en Rancho Grande, municipios de Matagalpa.  De esta masa boscosa nacen 48 riachuelos que son tributarios de los ríos Bijas, Babaska, Gusanera, El Cuá y La Triachera. 

Estos riachuelos desde la cima de los farallones abastecen de agua a El Cuá y susalrededores. Jaime Incer Barquero uno de los historiadores nicaragüenses, lo describe como uno de los cerros más altos de Nicaragua, con varias cumbres, la más alta se eleva a 1,750 metros sobre el nivel del mar.

El uso actual del suelo en el municipio, según mapas del Servicio de Información Ambiental (SINIA) del Ministerio de Recursos Naturales (MARENA), es el siguiente:

Mapa del Uso actual del suelo en el municipio

Como puede apreciarse en el mapa (área remarcada), una buena parte de la geografía actual del municipio está dominada por áreas de tacotales y pastos con maleza (color café). Ya quedan pocas áreas de bosques cerrados, los cuales se concentran fundamentalmente en la parte sur este del municipio y en los cuales se encuentran plantaciones de café bajo sombra (mancha roja).  De igual manera, el área de  bosque latí foliado abierto se localiza más hacia la parte sur oeste del municipio (mancha verde).  El área utilizada para fines agropecuarios se encuentra distribuida en todo el municipio: entre el 10 y el 16% de la superficie del territorio se utiliza para cultivos anuales, básicamente granos básicos.  

Otros datos sobre el uso del suelo revelan que entre el 8 y el 13% de la superficie del municipio está ocupada por pastos cultivados o sembrados y entre el 10 y el 17% están siendo usados para cultivos permanentes y semi permanentes (café, musáceas, frutales, etc.)

Cedro, Pino de Montaña, Guapinol, Roble, Santa María, Macuelizo, Nogal, plantas exóticas con potencial de uso ornamental y también plantas medicinales.

Existen otras variedades de plantas (no maderables), que son de gran utilidad para la construcción de viviendas y medios de transporte: Suita, Bálsamo, Bambú, Tuno y Caña. El Bambú es la materia prima básica junto con la palma de Suita para la construcción de las viviendas de la población de las comunidades indígenas Mayangnas y Miskitos.

Existe una gran variedad de Fauna Silvestre, en especial en las áreas protegidas. Entre mamíferos identificados se encuentran: monos congos (Alouatta palliata), mono araña (Ateles geoffroy), cuyuso (Bassariscus sumichrasti), mono cara blanca o mico (Cebus capucinus), perezoso de tres garfios (Bradypus variegatus), perezoso de dos garfios (Choloepus hoffmanni), leoncillo (Herpailurus (Felis) yagouaroundi), tigrillo – ocelote (Leopardus (Felis) pardallis), gato de monte – margay (Leopardus (Felis) wiedii), comadreja (Mustela frenata), rata taltuza (Orthogeomys matagalpae), tigre jaguar (Pantera onca), puma – león (Puma con color)y danto – tapir (Tapirus bairdii).

El municipio también tiene una gran variedad de aves, entre ellas: Quetzal (Pharomachrus monccino), lapa verde ( Ara ambigua), lapa roja (Ara macao), tucancito verde (Aulacortynchus prasinus), Alcaravan común (Burhinus bistriatus), todas las especies de gavilán, garza real (Casmerodius alibus), aguilucho de pantano (Cyrcus cyaneus), pavón (Crax rubra), halcón selvático (Daptrius ameicanus), garza morena (Egretta caerulea), halcones, halcón peregrino ((Falco peregrinus), halcón muercielaguero ((Falco rufigularis), águila real ((Harpia harpyja), águila solitaria (Harpyhaliaetus solitarius), guas – halcón reidor ((Herpetotheres cachinnas), gavilán pescador (Pandion haliaetus), pava crestada (Penélope purpurascens), querque – quebratahueso (Polyborus plancus), rey de los zopilotes (Sarcorhampus papa), aguilucho negro (Spizastur tyrannus), martín peña o garza tigre ((tigrisoma lineatum).

Se destacan dos estaciones bien marcadas: i) la lluviosa que va de Mayo a Enero

con una precipitación anual oscilando entre los 1800 mm en las partes mas bajas y 2600 mm en las partes más altas del municipio, y ii) una estación seca que cubre los meses de Febrero a Abril. La temperatura media anual ha variado en los últimos años.  Entre 1981-1995, los registros de temperaturas medias anuales revelaron temperaturas de 20º grados centígrados en los sitios más altos y 32 º en los más bajos.

Datos del Instituto de Estudios Territoriales (INETER) presentan algunas zonas propensas a sufrir movimientos de ladera, no obstante la mayor afectación ocurrida hasta la fecha, ha sido por la inundación de ríos en el contexto del huracán Mitch en Octubre de 1998; y cuyos resultados fueron los siguientes: 13,928 personas afectadas, dos muertos y 642 personas evacuadas y damnificadas.

Defensa Civil conjuntamente con la alcaldía municipal han elaborado planes para la protección de la población del municipio. La primer tarea fue tener información disponible sobre el grado de amenazas al que está expuesta la población, segundo se organizaron grupos de personas para que actúen frente a la incidencia de fenómenos naturales o sociales que provocan vulnerabilidad.  

Durante este período se creó el Comité Municipal de Prevención y atención de Desastres Naturales (COMUPRED), integrado por todas las instituciones del Estado y demás organizaciones con presencia dentro del municipio. Se instaló un equipo de comunicación (radio) en la Alcaldía, a través del cual se mantiene una constante comunicación con la oficina de Defensa Civil en Managua, para darle seguimiento a los fenómenos naturales.  También se entrenó a un equipo de 5 personas en salvación y rescate de personas.

La población del municipio tiene una tasa de crecimiento anual estimada en 2.6% y prácticamente el 92% se ubica principalmente en comunidades rurales del

municipio como puede verse en la siguiente tabla.